MongoDB - вызовы find () иногда застревают - тайм-аут

Другой подход заключается в использовании предложенного метода для драйвера MongoDB 3.2. Имейте в виду, что вам необходимо обновить библиотеки .jar (если вы этого не сделали) до последней версии.

public final MongoClient connectToClient(String hostName, String port) {
    try {
        MongoClient client = new MongoClient(hostName, Integer.valueOf(port));
        return client;
    } catch(MongoClientException e) {
        System.err.println("Cannot connect to Client.");
        return null;
    }
}

public final MongoDatabase connectToDB(String databaseName) {
    try {
        MongoDatabase db = client.getDatabase(databaseName);
        return db;
    } catch(Exception e) {
        System.err.println("Error in connecting to database " + databaseName);
        return null;
    }

public final void closeConnection(MongoClient client) {
    client.close();
}

public final void findDoc(MongoDatabase db, String collectionName) {
    MongoCollection<Document> collection = db.getCollection(collectionName);
    try {
        FindIterable<Document> iterable = collection
                .find(new Document("_id", key));
        Document doc = iterable.first();
        //For an Int64 field named 'special_id'
        long specialId = doc.getLong("special_id");
    } catch(MongoException e) {
        System.err.println("Error in retrieving document.");
    } catch(NullPointerException e) {
        System.err.println("Document with _id " + key + " does not exist.");
    }
}

public final void insertToDB(MongoDatabase db, String collectioName) {
    try {
        db.getCollection(collectionName).insertOne(new Document()
            .append("special_id", 5)
            //Append anything
        );
    catch(MongoException e) {
        System.err.println("Error in inserting new document.");
    }
}

public final void updateDoc(MongoDatabase db, String collectionName, long id) {
    MongoCollection<Document> collection = db.getCollection(collectionName);
    try {
        collection.updateOne(new Document("_id", id),
                             new Document("$set", 
                                     new Document("special_id", 
                                             7)));
    catch(MongoException e) {
        System.err.println("Error in updating new document.");
    }
}

public static void main(String[] args) {
    String hostName = "myHost";
    String port = "myPort";
    String databaseName = "myDB";
    String collectionName = "myCollection";
    MongoClient client = connectToClient(hostName, port);
    if(client != null) {
        MongoDatabase db = connectToDB(databaseName);
        if(db != null) {
            findDoc(db, collectionName);
        }
        client.closeConnection();
    }
}

EDIT: как предлагали другие, проверьте из командной строки, не слишком ли медленная процедура поиска документа по его идентификатору. Тогда, возможно, это проблема с вашим жестким диском. Предполагается, что _id будет проиндексирован, но, к лучшему или к худшему, заново создайте индекс для поля _id.